Το 1921 λαμβάνει υποτροφία από το Ίδρυμα Αβέρωφ για ανώτερες σπουδές βιολιού στο Βερολίνο. Γρήγορα, όμως, θα προσανατολιστεί στη σύνθεση, με δασκάλους τον Κουρτ Βάιλ, τον Φίλιπ Γιάρναχ και τον «πάπα της πρωτοπορίας» Άρνολντ Σένμπεργκ (Arnold Schönberg), ο οποίος τον εκτιμούσε ιδιαίτερα. Κατά τη διάρκεια της παραμονής του στο Βερολίνο έγραψε πάνω από 70 έργα, τα περισσότερα από τα οποία χάθηκαν. Παρά την εκτίμηση που έτρεφε στον Σένμπεργκ, δεν ακολούθησε τυφλά το δωδεκαφθογγικό σύστημα του δασκάλου του, αλλά ανέπτυξε μια δική του απόλυτα πρωτότυπη παραλλαγή.
Τον Μάιο του 1933 επέστρεψε στην Ελλάδα. Στην πατρίδα αντιμετώπισε τον φθόνο και την καχυποψία του μουσικού κυκλώματος (Φιλοκτήτης Οικονομίδης, Μανώλης Καλομοίρης, Δημήτρης Μητρόπουλος, Σπύρος Φαραντάτος), παρότι ήταν γνωστή η αξία του. Στα μουσικά πράγματα της χώρας κυριαρχούσαν άνθρωποι συντηρητικών αντιλήψεων, που σχετίζονταν με τη λεγόμενη «Εθνική Σχολή» και δεν μπορούσαν ή δεν ήθελαν να κατανοήσουν τις νέες μουσικές προτάσεις του Σκαλκώτα. Ισχυριζόντουσαν ότι έγραφε ακαταλαβίστικη μουσική, που ήταν αντίθετη με τους κανόνες που διδάσκονταν στα ωδεία και διέδιδαν πως ήταν τρελός. Ο μουσικολόγος και βιογράφος του Σκαλκώτα Γ. Γ. Παπαϊωάννου αποκαλεί τη συμπεριφορά τους απέναντι στον Σκαλκώτα «μεγάλη συμπαιγνία» και πιστεύει ότι το πληθωρικό του ταλέντο θα τους επισκίαζε και θα τους εξοστράκιζε από τις «καρέκλες» τους.
Όλες οι πόρτες ήταν κλειστές για τον Σκαλκώτα. Για να ζήσει καταδέχεται να παίξει βιολί σε ένα από τα τελευταία αναλόγια της Κρατικής Ορχήστρας και αργότερα στις Ορχήστρες της Λυρικής και της Ραδιοφωνίας, παρά την αναμφισβήτητη αξία του ως βιολονίστα. Ως αντίδοτο, άρχισε να συνθέτει πυρετωδώς: Από το 1935 και ως το 1945 είχε γράψει πάνω 100 έργα. Πέθανε στις 20 Σεπτεμβρίου 1949 από επιπλοκές που προκάλεσε η αμελημένη περισφιγμένη κήλη του. Δύο ημέρες αργότερα γεννήθηκε ο δεύτερος γιος του, Νίκος, γνωστός ως πρωταθλητής Ελλάδας στο σκάκι.
Νίκος Σκαλκώτας: Συναυλίες μουσικής δωματίου, ορχηστρικών έργων, σειρές συζητήσεων, θεατρικές παραστάσεις για μεγάλους και για παιδιά, ένα διεθνές συνέδριο, διαγωνισμοί και μια έκθεση με πρωτότυπο υλικό από το αρχείο του συνθέτη είναι μόνο μερικές από αυτές.
