Ο Μητροπολίτης Καντιώτης θεώρησε ότι η ταινία προσβάλλει το έθνος και τον χριστιανισμό. Έτσι, απείλησε τον Αγγελόπουλο ότι θα τον αφορίσει και τον διέταξε να σταματήσει τα γυρίσματα. Το γεγονός αυτό εξόργισε τον Αγγελόπουλο, που δεν υποχώρησε, και προκάλεσε επίσης και το μένος των συνεργατών του. Το θέμα πήρε διεθνείς διαστάσεις.
Ο Αγγελόπουλος στηρίχτηκε τότε από τους πολιτικούς της Αριστεράς και είχε την αρωγή του Ιάπωνα σκηνοθέτη και προσωπικού φίλου του, Ακίρα Κουροσάβα. Όταν ο Αγγελόπουλος επέστρεψε, μια μεγάλη μερίδα των χριστιανών της Φλώρινας είχε κατακλύσει την πόλη με μαύρες σημαίες και πλακάτ, ενώ υπήρχαν και καρικατούρες που παρίσταναν τον σκηνοθέτη σαν έναν προδότη που κρατούσε ένα σακούλι με 600 εκατομμύρια δραχμές και εμφανίζονταν συνθήματα, όπως «αναρχία, ανθελληνισμός, αθεΐα, ακολασία», με τις καμπάνες να χτυπούν πένθιμα, βάζοντας παρόμοια εμβατήρια.
Με την παρότρυνση του μητροπολίτη προσπάθησαν με κάθε τρόπο να εμποδίσουν την ολοκλήρωση και κυκλοφορία της ταινίας. Στις 16 Δεκεμβρίου του 1990 κορυφώθηκε όλο αυτό σε μια τελετή αφορισμού του Αγγελόπουλου και του πρωταγωνιστή Μαρτσέλο Μαστρογιάνι. Την ίδια μέρα είχε οργανωθεί μία συγκέντρωση, στην οποία παραβρέθηκαν ο Αγγελόπουλος και οι συνεργάτες του, στον κινηματογράφο «Ελληνίς». Οι χριστιανοί πιστοί και ο Καντιώτης έψελναν μαζί το «Αφορισμένοι, αφορισμένοι».
Ο Καντιώτης τους έδωσε περιθώριο δύο χρόνων για να μετανοήσουν και να συγχωρεθούν, κάτι που δεν έκανε κανένας συντελεστής της ταινίας.
Τελικά, η ταινία ολοκληρώθηκε και έφτασε μέχρι τις Κάννες.