Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή διαφέρει ως προς άλλα όργανα της Ευρωπαϊκής Ένωσης, μέσα από το «δικαίωμα πρωτοβουλίας» στη νομοθετική διαδικασία. Έχει δηλαδή το δικαίωμα να υποβάλλει προτάσεις νέας ευρωπαϊκής νομοθεσίας στο Κοινοβούλιο και το Συμβούλιο, προκειμένου να προωθήσει τα συμφέροντα της Ένωσης ή να αντιμετωπιστεί ένα πρόβλημα. Λειτουργεί επίσης ως εκτελεστικό όργανο, με αρμοδιότητα στη διαχείριση και εκτέλεση του προϋπολογισμού της Ένωσης, καθώς και τη διαχείριση των ευρωπαϊκών προγραμμάτων ή την εξασφάλιση της εφαρμογής των πολιτικών που έχουν εγκριθεί από το Κοινοβούλιο και το Συμβούλιο.
Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ενεργεί παράλληλα ως «θεματοφύλακας των Συνθηκών», αρμόδια για τη διασφάλιση της ορθής εφαρμογής της ισχύουσας ευρωπαϊκής νομοθεσίας ή την υποβολή σχεδίων αναθεωρήσεως των ευρωπαϊκών συνθηκών. Στα πλαίσια αυτού του ρόλου, έχει δικαίωμα να κινήσει σχετικές νομικές διαδικασίες, όταν ένα κράτος μέλος παραβιάζει τη νομοθεσία, και να προσφύγει στο Δικαστήριο των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων για την επιβολή χρηματικών ποινών, σε περίπτωση μη συμμόρφωσης του κράτους μέλους. Αρμοδιότητα της Επιτροπής είναι επίσης η εκπροσώπηση της Ευρωπαϊκής Ένωσης και η διαπραγμάτευση διεθνών συμφωνιών.
Η Λειτουργία της Ευρωπαϊκής Επιτροπής ενεργεί σύμφωνα με τις πολιτικές κατευθύνσεις που καθορίζει ο/η πρόεδρός της, ο οποίος διορίζεται κατόπιν πρότασης του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου και έγκρισής της από το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. Ο/Η εκλεγμένος πρόεδρος αναλαμβάνει την επιλογή των επιτρόπων από καταλόγους υποψηφίων, όπως αυτοί διαμορφώνονται από τα κράτη μέλη, ενώ η τελική έγκριση για το διορισμό της Επιτροπής δίνεται από το Κοινοβούλιο. Η θητεία της διαρκεί για περίοδο πέντε ετών.
Ο/Η πρόεδρος της Επιτροπής αναθέτει στους επιτρόπους τους τομείς πολιτικής για τους οποίους θα είναι αρμόδιοι, με δυνατότητα ανακατανομής των αρμοδιοτήτων τους κατά τη διάρκεια της θητείας της Επιτροπής, εφόσον κριθεί αναγκαίο. Κατά κανόνα, οι συνεδριάσεις της Επιτροπής διενεργούνται μία φορά την εβδομάδα, εμπιστευτικά, αλλά ενδέχεται να οριστούν και έκτακτες συνεδριάσεις αν κριθεί απαραίτητο από τον/την πρόεδρο, ο οποίος τις συγκαλεί.
Διοικητικά, οργανώνεται σε διαφορετικές «Γενικές Διευθύνσεις» και υπηρεσίες, αρμόδιες για συγκεκριμένους τομείς, καθεμία από τις οποίες διαθέτει έναν Γενικό Διευθυντή ως επικεφαλής, ο οποίος δίνει αναφορά στον αρμόδιο επίτροπο. Οι Γενικές Διευθύνσεις συντάσσουν ουσιαστικά τις νομοθετικές προτάσεις, διενεργώντας ευρείες διαβουλεύσεις και σε συνεργασία με τα αρμόδια υπουργεία των κρατών μελών. Οι προτάσεις αυτές, περιλαμβάνονται στη συνέχεια στην ημερήσια διάταξη κάποιας συνεδρίασης της Επιτροπής και υποβάλλονται προς ψηφοφορία. Η λήψη των αποφάσεων για την έγκριση μίας πρότασης γίνεται κατόπιν ψηφοφορίας κατά τη διάρκεια μίας συνεδρίασης ή με γραπτή διαδικασία, κατά την οποία η πρόταση διανέμεται στους επιτρόπους, οι οποίοι με τη σειρά τους κοινοποιούν επιφυλάξεις τους ή άλλες προτεινόμενες τροποποιήσεις. Προβλέπεται επίσης διαδικασία εξουσιοδότησης ενός η περισσότερων μελών της Επιτροπής να λάβουν μία απόφαση, με δυνατότητα περαιτέρω εκχώρησης αυτού του δικαιώματος σε Γενικούς Διευθυντές ή επικεφαλής υπηρεσιών της Επιτροπής.
