Νικοπολίδης: Τέλος από τον Ολυμπιακό

Μεγάλωσε στη Βίγλα, ένα παραθαλάσσιο χωριό της Άρτας και πραγματοποίησε τα πρώτα του ποδοσφαιρικά βήματα στην ΑΕ Βίγλας, με την οποία αγωνίστηκε στις διοργανώσεις της τοπικής ΕΠΣ Άρτας. Ξεκίνησε ως επιθετικός, όμως λόγω έκτακτης ανάγκης (ο ίδιος έχει αναφέρει πως άλλαξε θέση με τον συνονόματο ξάδερφό του την ημέρα εκείνη που παντρευόταν) αγωνίστηκε μια φορά ως τερματοφύλακας, θέση στην οποία τελικά καθιερώθηκε. Η πρώτη του επαγγελματική ομάδα ήταν η Αναγέννηση Άρτας, από την οποία αποχώρησε το 1989 για να συνεχίσει στον Παναθηναϊκό, σε ηλικία 18 ετών. Τα πρώτα έξι χρόνια ήταν (συνήθως) αναπληρωματικός του Πολωνού τερματοφύλακα Γιόζεφ Βάντσικ.

Την περίοδο 1989-90, έκανε την παρθενική του εμφάνιση με τον Παναθηναϊκό την 25η Φεβρουαρίου του 1990, στο εκτός έδρας 4-3 επί του Ολυμπιακού, το οποίο σημαδεύτηκε από εκτεταμένα επεισόδια, με τον ίδιο τον Νικοπολίδη να τραυματίζεται στο 67ο λεπτό από ρίψη πέτρας και να αντικαθίσταται από τον Γιώργο Αμπαδιωτάκη. Την περίοδο 1994-95 συμμετείχε σε πέντε αγώνες με τη φανέλα του Παναθηναϊκού και σε τρεις την επόμενη περίοδο, κατακτώντας και τις δύο χρονιές το πρωτάθλημα, ενώ σταδιακά καθιερώθηκε ως βασικός (από την περίοδο 1997-98 κι έπειτα).

Το 2002 βοήθησε τον Παναθηναϊκό να φτάσει στα προημιτελικά του Champions League, αλλά την περίοδο 2003-04 έχασε τη θέση του βασικού από τον Κώστα Χαλκιά, κυρίως λόγω της αρνητικής τροπής που είχαν πάρει οι διαπραγματεύσεις για την ανανέωση του συμβολαίου του. Ο Παναθηναϊκός του προσέφερε τριετές συμβόλαιο (με αμοιβή 400.000 ευρώ περίπου για κάθε χρόνο και μηδενική ρήτρα σε περίπτωση που έφευγε για ομάδα του εξωτερικού), πρόταση την οποία δεν αποδέχθηκε (ο ίδιος ζήτησε 600.000 ευρώ τον χρόνο) και για τον λόγο αυτό έχασε τη θέση του στη βασική ενδεκάδα για το υπόλοιπο της περιόδου (από τα τέλη Φεβρουαρίου 2004).

Αρχικά, ο αθλητικός Τύπος και οι φίλαθλοι του Παναθηναϊκού πήραν το μέρος του, καθώς θεώρησαν τη συμπεριφορά της διοίκησης λανθασμένη και απαξιωτική για τον ποδοσφαιριστή, ενώ αργότερα κυκλοφόρησαν φήμες ότι είχε ήδη έρθει σε συμφωνία με τον αιώνιο αντίπαλο, τον Ολυμπιακό. Ο Νικοπολίδης κατέκτησε τελικά το νταμπλ με τον Παναθηναϊκό την περίοδο 2003-04, όμως η μετακίνησή του στον Ολυμπιακό (με υπογραφή τριετούς συμβολαίου και ετήσιες αποδοχές περίπου 600.000 ευρώ), είχε διαρρεύσει πριν τη λήξη της  με αποτέλεσμα στη φιέστα που ακολούθησε για την κατάκτηση του νταμπλ, να αποδοκιμαστεί από μερίδα οπαδών όταν σήκωσε το τρόπαιο.